入国不可ならeビザ申請時に拒否されるのでは？

こんにちは。

イランの場合、イスラエル入国痕跡があると入国拒否と明確に示されていないので何とも言えないのですが、イランeビザ申請時にイラン大使館へパスポート原本を提示する必要があるので、もしもだめならその段階でビザ発給拒否になるのでは？と思います。

参考（ビザ申請時の提出物）: http://jp.tokyo.mfa.ir/index.aspx?siteid=392&fkeyid=&siteid=392&pageid=24390&newsview=541253

あと、アカバボーダーのヨルダン入国スタンプと、アンマン・クイーンアリア空港の入国スタンプのデザインが違うので、見る人が見たらどこのボーダーからヨルダンに入国したのか判断可能なのでは？と思われます。

とにかくまずは在日イラン大使館に確認してください。