経験者からの回答です。

　質問者のルートをよくたどり、一昨日タオから帰国したばかりです。
　自分は、別切りではないですが、それより短い乗り継ぎをよく行います。サムイの朝の便に乗るため、BKKで１．５時間、サムイで55分の綱渡りですが、失敗の経験はありません。（なんの保証もないですが、、）
　でも次のことに注意してください。
➀　荷物スルーができるので、それをお願いする。（自分はCXとTGでお願いした経験あり）
②　BKKについたら、トランジットエリアのバンコクエアーで、CHECK IN。外のエアーバンコクカウンターは混みやすい。
③　搭乗券をそこで受けとったら、乗り継ぎ口に行かずに１度入国することが大切。イミグレや荷物のレーンが乗り継ぎの方は1～２か所しかないので、イミグレがたくさんある、入国の方がかなり速い。（家族にトランジット経由で行かせて、競争比較済み、いつも自分の方が早く搭乗ゲートに先に到着）搭乗券
④　搭乗券があれば、あとは普通にいくつもレーンのある国内線ゲートを通過するだけ。自分はいつもこの入国時　に地下の電車駅まで行き、レートのよい両替で両替。（空港内と１万円で１６０BAHTの違い）両替しても、自　分の方が早くつく。
⑤サムイについたら、ツーリストデスクが左右に２つあるので、そこで早く出発するほうでチケット購入。シートランまでなら、１００バーツ.

⑥　本当は、ここでフェリーのチケットも購入したほうがいい。値段はネットとほとんど変わらない。エアーが遅れれば、チケットが紙になるから、、。

⑦　ここで、残念な知らせだけど、6：30のシートランは、欠航がとても多い。なので、夜のフェリー＆次の日か　らのダイビングは、自分はやらない。実際に今回もそうなった人がいた。払い戻しは７０％しか戻らない。
　シートランは、本当におすすめしない。自分は、エアーよりもこちらの方が危ないと思っている。

　ただ、CIは使ってないので、台風の危険だけは何も言えない。自分も１日遅れればかなりやばかったから。無理だ、あきらめろなどの常連や未経験の人間からのアドではないので、良かったら参考に、、。