飛行機乗り継ぎについて

香港エクスプレスから香港航空への乗り継ぎについて。
日本から香港まで香港エクスプレス。
香港からデンパサールまで香港航空。
乗り継ぎ時間は1時間程しかありません。

日本からデンパサールまで香港航空で行くなら、香港入国審査の必要がないんですが、他社乗り継ぎだと入国の必要があるのが不思議で…。
前もって、香港航空はオンラインチェックインを済ませてても、やはり入国の必要があるんでしょうか。

とても初歩的な質問かとは思いますが、詳しい方、よろしくお願いします。