昨年個人旅行に行きました

私はホテルに依頼すると宿泊日程分のビザしか発行出来ない場合、何かトラブルがあったら困るかなと思ったのと、交渉とかの手間を考えてロシアビザセンターにお願いしました。１か月の観光ビザを発行してくれましたし、入国審査も問題無かったです。
航空券は航空会社のサイトから、ホテルはエクスペディアかbooking.comだったような気がします。鉄道はロシア国内はhttps://www.russianrailways.com/から、ヘルシンキとサンクトペテルブルク間はhttps://www.vr.fi/cs/vr/en/frontpageから予約しました。
日程が決まっているのであれば、オンラインで予約出来るところは予約してバウチャーを印刷していったほうがいいです。クレムリンはオンライン予約をしていてもパスポートチェックやら、手荷物検査やらでものすごく待たされます。他の所もチケットを買う行列に並ばなくていい、程度なのでメジャーな観光地は行列必至です。それでもチケットを買うのに数時間待つことを思えばオンライン予約をおススメします。
ファベルジュ美術館は３０分くらいで並べばチケット買えましたよ。

他の方の回答にもあるように、ロシア国内外に関わらず旅行会社を通すと手数料をすごく取られてしまいます。
オンラインで予約して、バウチャー印刷で全然問題なかったです。

移動は地下鉄か乗り合いバスを使ってたんですが、深夜とか荷物多い時はタクシーを使いました。タクシーはその辺で捕まえると相場の２～３倍の値段ふっかけられます。それでも日本より安いですが（笑）。Uberかホテルで呼んでもらうのがいいと思います。あと鉄道駅にいる警察の人にも頼んだら呼んでくれました。50ルーブルくらいマージン取られましたけど、タクシー料金はぼったくられることはないです。

６～７月に行きましたが、深夜は寒いのでネヴァ川ナイトクルーズとか行かれるんでしたら、３月初旬の夜中くらいの装いが必要ですよ。川沿い＆日が落ちると急に冷えます。

長々と失礼致しましたが、楽しい旅行になることをお祈りしています。