箱根はフリーパス利用がベストです

東京からだとレンタカーは必要ないので、どこで返すかは分かりません。
ただ、箱根はすべての乗り物に乗り放題の箱根フリーパス利用がベストですよ。
御殿場まではそのパスですべて無料ですから、借りるとしたら御殿場かと。
でも御殿場～富士五湖～白糸の滝～富士もバスで移動できる（忍野八海、白糸の滝の観光も次のバスでちょうどいい）のでレンタカーは余り必要ないかも。