2泊だと三保は無理、五湖も忙しい。

3泊できるということですから3泊がベターです。三保の松原も行きたいということだし。
2泊の場合は箱根と富士五湖ですが、その場合、駆け足でも最後は白糸の滝で、三保は無理でしょう。
富士五湖地区では富士山5合目も行かれたほうがいいですよ。