4月からは直通はないみたいですね

あちこちで調べてみました。

7月はおっしゃるようにflixbusで直通は出てきませんね。プラハ経由の10時間以上のものしか出てこない。
3月末まではチェスキークルムロフまでの直通があるようですが、4月から運行しないみたいです。

ミュンヘン→プラハでしたらドイツ鉄道のICバスも走っています。
こちらはプラハまで4時間40分くらい。早割で14.9ユーロからあるようです。

でもどうしてもミュンヘンからチェスキークルムロフに直接行きたい場合は、鉄道でリンツ経由が早いと思います。
リンツからはflixbusでチェスキーへの直通バスもありますが、1日に1本しかないのでこれは却下。

チェコではレンタカーではないのですか？
プラハからチェスキークルムロフに日帰りとか・・・。

お役に立たなくてすみません。