EC(ユーロシティ)で大丈夫です。

こんにちは。

プラハ9:50発のEC(ユーロシティ)は、16:20に「budapest-nyugati」駅に到着します。直通です。「Budapest-Keleti」駅まで行かれるなら、地下鉄に乗り換えていくことができます。
ヨーロッパの大きな都市では、鉄道が運行されている方面ごとに主要な駅がいくつもあることが多々あります。「budapest-nyugati」駅は、「Budapest-Keleti」駅の北西約2㎞のところにありますが、それぞれ「行き止まり駅」で、直接同じ線路ではつながっていませんので、検索するとご質問にあるような経路になってしまうのだと思います。
また、この直通のECは、ブラチスラバを経由します。1日5本が運行されており、5:50が始発で、2時間に1本あり、15:50発が最終です。

良いご旅行を。