周遊がベター

いずれも互いに大きく離れていて、日帰りや1泊2日のオプショナルツアーでは無理かと。
リマを拠点にナスカ（1泊～）、マチュピチュ（クスコを含め3泊～）は可能ですが、他も含め周遊が効率的です。

いつ行く予定ですか？１２～3月ならエクアドル、ペルー、ボリビアのアンデス3国が雨期なので、マチュピチュが洪水で日本人観光客が立ち往生したことが最近2回ありました。
ボリビアのウユニ塩湖は雨期に絶景が見られ、マチュピチュを除く他は夏季の観光のベストシーズンです。
将来、また南米に行ける機会があるなら、マチュピチュはエクアドルの世界遺産第1号12カ所のふたつの、ガラパゴスとキトと一緒に５～9月の乾季に行くとベターです。

南米へはもう行けそうにないなら、計画通りでいいかと。

リマイン、ナスカ、クスコ、マチュピチュ、ラパス、ウユニ塩湖、イグアス、ロス・グラシアレス、・イースター、サンティアゴ・アウトと空路周遊されるといいかと。