予約はレンヌまでの往復だけでいいのですが

それだけ料金が違うなら、差額はバス代（込み）かも。バス代も入っているかを聞いて、そうなら、それでいいのでは？

レンヌ片道TGV代1300円なら安いですね。そこでパスを買った人へのサービス値段かも？。
3100円でも高いJR新幹線の特急料金を考えれば、十分許容範囲かと思いますが。
なるべく早めに予約してもらったほうが無難かと。
日帰りだと、往復とも乗る列車はほぼ決まってしまうので予約が集中。余計パスホルダーの予約が難しくなるわけですが、1泊なら往復ともそれほど込まない列車とすることも可能なので、予約が取れやすいかと。