BAがいい

マデイラなら英国航空(BA)がフンシャルまで飛んでますから、日本から通しの格安航空券があります。
ポルトガルから飛ぶと、日本-リスボン、リスボン-フンシャルと2冊の航空券を買うことになりますが、BAなら日本-リスボンと同じ料金でフンシャルまで飛べます。
ただし、この場合は、ロンドンから直行でフンシャルまで行きますけど。
これが日本発なら間違いなく一番安いですよ。
ヨーロッパ旅行を安くするには日本発の格安航空券にいかにして組み込むかにかかってると言って間違いないです。