フランクフルトハーン空港とチェコからの国境駅。

チェコからの国境駅

>ドイツ国内は、ジャーマンレイルパスを使うので、どこまで切符を購入すればいいのか分かりません。

チェコ分は別途切符を買うということですね。でしたら予め調べる必要はないでしょう。チェコの駅窓口でレイルパスを見せて行く先を告げ切符がほしいと言えばパスが効かない区間の切符を売ってくれます。

パスにまだスタンプが押されていなければ、同じくチェコの駅でスタンプを頼んでください。チェコにはまだ行ったことがないので確約できませんが、多分押してもらえるでしょう(アムステルダム、ウィーンでは押してもらえました)。

空港サイトに出ています

公式サイト(www.hahn-airport.de)には近隣都市からのアクセスが
書かれています。www.hahn-airport.de/default.aspx?menu=by_bus&cc=en

プラハからはドイツの何処に出るかによって異なるのでは?

ベルリンならば、
EC 178
Praha hl.n- Berlin Gesundbrunnen

Praha hl.n.　6:25
Praha-Holesovice　6:35　6:36
Decin hl.n.　7:56　7:58
Schöna(Gr)
Bad Schandau　8:16　8:18
Dresden Hbf　8:46　9:03

ミュンヘンならば、

R 454
Praha hl.n.-Furth i Wald
ALX 454
Furth i Wald-München Hbf

Praha hl.n. 9:16
Plzen hl.n. 10:50 11:00
Furth i Wald(Gr)
Furth i Wald　12:11　12:21

ニュルンベルクだとFurth i WaldとSchöna経由とがあるようです。
さらに、
R 754
Praha hl.n.-Cheb

Praha hl.n. 8:16
Plzen hl.n. 9:54 10:05
Marianske Lazne 11:22 11:24
Cheb 11:58

VBG12977
Cheb-Marktredwitz

Cheb 12:22
Cheb(Gr)
Schirnding 12:35 12:40
というのも出てきました。

何処に行くのかがわからなければ回答不能のようです。