飛行機が欠航した場合を考えて、夜行列車を予約したいのですが、予約方法を教えてください。

証明書

乗車日後は、乗らなかったと言う証明印を、乗車日以前に窓口で貰わないと、払い戻しでき無いはずです。
単に使わず、払い戻しは乗車日前しか出来ません。

そのとおりだとおもいます

こんばんは（こんにちはでしょうか）

ご投稿からすでに4時間ほど経っており、既にご自身で解決なさっているかもしれませんが、
私のつたない知恵で何かお役に立てればと思い書き込みます。
アルテシアナイトには数年前にローマからパリまで一回だけ乗ったことがありますが予約方法は忘れました。

＞１等　2 x Double Sleeper Full Fare Flexi Adult　　¥47,000
＞とは、２人部屋を示していますか？

　ほぼ確信はお持ちでしょうが、その通りだと思われます。
　「２×　ダブル　スリーパー、フルフェアフレキシ、アダルト」です。
　つまり
　「２名　２人部屋寝台、通常運賃、大人」運賃です。

＞Full Fare

If ticket not used, 100% refundable up to 60 days after train departure date. Thereafter, no refund allowed. Subject to administrative charges in country of purchase.

　これは、フルフェアを購入すれば、お察しのとおり発車後60日までに100％返金されるというものだと思います。
　最後の一文は、返金の際、購入した国でなんらかの手数料が発生するので、
　完全に支払った額の100％が戻るわけではありませんよ、ということだと思われます。（間違っていたらすみません）

今回参考にさせていただいたサイトのうち２つを以下に挙げておきます。
http://www.ohshu.com/ohs_rail/premium/artesianight.html

http://www.lococom.jp/cblistc/his_007/5746/4/

その他、私がネットで探したのをまとめると
- Single　1人部屋　（1等のみ）
- Double は２人部屋　（1等のみ）
- T3　は3人部屋　（多分１等のみ）
- T4　は４人部屋（クシェット（簡易寝台））
- T6　は6人部屋　（クシェット）

- Sleeper　普通寝台
- Couchette　簡易寝台　クシェット　

- Full Fare　Flexi　通常運賃。変更・CXL可
- Semi-flexi 割引運賃。Ｔ４＆Ｔ６以外は乗車日の14日前まで発券
- Leisure 早割り運賃。リージャー　（レジャー）


といった感じでしょうか。
遅くなりましたがお役にたてれば幸いです。
異国でのトラブル（？たぶんアイスランドの噴火の影響？）でお疲れでしょうが、
良い思い出がたくさんできるとよいですね。