年末年始、KLとマラッカ、シンガポール、どこがおすすめですか？

マラッカのバスターミナル

))マラッカには荷物預かってくれるところはありますか

実際に確認したわけではないですが、大きくて立派な
バスターミナルなので、あそこに荷物預かりがない、
なんてことはないと思います。預けられるでしょう。
ローカルバスかタクシーで市内へ。

タンピン駅で乗換え

KE年越しなら３０朝の列車でタンピンへ。１時間ごとのバスに乗換え４５分のマラッカ泊。マラッカ～KLはバスで３時間。３１，１、KL泊、２，３シンガポール泊でいいかと。

マラッカは世界遺産でマレーシア本土、一、二の見どころですから、１泊はしないと。

KLはタワーくらいで余り見るところはありません。

帰りはバスで。どちらかを列車なら行きのほうがいいです。タンピン→シンガポールは途中から乗ることになるからです。

シンガポールはマリーナ・ベイのカウントダウンが大混雑

シンガポールは、２００５年末以降恒例になったマリーナ・ベイのカウントダウンが年々、混雑の度合いを増しています。

http://www.marinabaycountdown.sg/
http://www.yoursingapore.com/content/traveller/ja/browse/apps/eventdetails.marina-bay-singapore-countdown-2011-12.html

カウントダウンの後、マリーナ・ベイに花火が上がります。
人気のマリーナ・ベイ・サンズ、旧来からのフラトンやリッツ・カールトン・ミレニアやマンダリン・オリエンタル、スイソテル・スタンフォードなどのホテル、エスプラネード、マーライオン、新しいフィナンシャル・センターに囲まれたマリーナ・ベイは、人でごった返します。
カウントダウンのカウント自体は一部の会場でしか聞こえないので盛り上がりが今一つな場所が多いですが（午前０時の瞬間がよくわからない・笑）、約８分間の花火が盛大に打ち上げられます。
一部の有料会場（カウントダウン・イベント）の他は無料なので、ベイサイドは午後１０時くらいには人であふれます。
シンガポールでは、他にはセントーサのビーチや隣接するビボ・シティーなどで大規模なカウントダウン・イベントがあります。
落し物やすり（まず心配は要りませんが）に注意するくらいで、日本のイベントと同じように楽しめます。

特別な屋台は出ていないよう見えますが、エスプラネード周辺の飲食店、近くのラオパサなどのホーカー、フードコートなどは深夜でも営業しています。（一般のショッピング・センターの飲食店は早じまいするケースが多いでしょう。）