国境越えは、旅の流れの中で、自然に決まるものです。

インドとネパールの陸路国境越えをどこにするか？は、
旅をしているうちに自然と決まります。

例えば僕は、ポカラからバラナシへ１泊２日で国境越えをしました。

ポカラからスノウリ、バラナシ
http://homepage3.nifty.com/worldtraveller/asia/ganga.htm

これは、ポカラへ行ったら、バラナシ行きのバスがあると聞いたから乗っただけです。
インドで、バラナシへは行くでしょう。

バナラシへ行けば、ネパールから来た日本人に会います（日本人じゃなくてもいいですが）。
であった日本人が通った国境を通ればいいんですよ。

３つルートがあるそうですが、３つを比較して最適なルートを選ぶなんて、
誰もやってません。

現地で国境越えの話を聞いて、（安全のために）誰か一緒に行く人間を見つけて、
一緒に行ったりします。

インドとネパールの国境を越えるベテランなんかいません。
いたとしたら、無意味なことをしているだけです。

みどりのくつした