飛行機の乗継に関して

ご質問の意図は？

当日乗り換えできないので　イスタンブ-ルで１泊になります。
入国できない例　乗継便に制約がある航空券　入国にビサ必要
*発売元にご確認ください

入国はOKです。ただ、無料乗り継ぎホテルの提供は無理ですね

TKのWEBサイトで確認して見ましたが、この乗り継ぎは、正規割引チケットとして売られていますね。
4月28日発のvilnius行き、往復航空券としては、最安値ですが、
関空発直行のTK47便なら、ISTに翌朝早朝着で、接続も良いですが、4万円弱高いですね。

まず、イスタンブールの入国は、TKの航空券なら、問題無くできます。
イミグレでは、日本の旅券なら、航空券のチェックはありませんし・・・。

無料の乗継ぎホテルの提供ですが、TKの提供ルールが変更され、「最短の乗り継ぎフライト」の要件が付いています。
この場合、本来、TK47→TK1407の最短乗り継ぎが可能なのに、航空運賃を安くあげるために、東京経由、しかも昼便で「遠回り」していますから、対象外です。成田発の夜行便が運航される前は、簡単に、トランジットホテルが無料で提供されていたのですが、現在は駄目になっています。

また、TOUR ISTANBULという無料市内ツアーがありますが、朝9時スタートなので、残念ながら、時間的に無理のようです。

往路で2泊もする航空券は本当に安いか？

　28日夜に関空を出て、翌29日午前に成田を出て、更に翌30日午前にイスタンブールを出て、同日午後にビリニュスに着くのですよね？
　ほぼ丸二日。
　総合的に考えてその航空券を利用することが本当に安上がりかどうかですね。。。
　たぶんプラス数万（1, 2万円）でフィンエアーあたりを使った“1回乗り継ぎ同日着”の航空券があるように思いますが。

　なお、ストップオーバー（乗り継ぎ地での24時間以上の滞在）出来る出来ないでの航空券の区別はありますが、乗り継ぎ地で入国するしないでの区別は無いです。どのような航空券でも問題なく入国できます。

なぜ、購入先に直接確認しないのか?

無論、入国できるのが正解。

それよりチェックすべきは、このフライトに関して無料トランジットホテルや無料市内ツアーの提供の有無だろう。

入国できます。

24時間を超えて滞在するとその空港の空港利用料と合わせて加算金を徴収する会社や途中降機を認めない航空券も存在しますが。
私は3月10日の朝便が３週間前にキャンセル連絡が来ましてね、チェックイン時に、(乗客が少なすぎるという)経済的理由なのか質問してみましたが
帰ってきた答えはあくまで機材繰りとのことでした。それで前日夜便を申し出てイスタンブルに36時間滞在1泊しました。航空会社の都合なので加算料は払っていませんがごく稀にある朝便のキャンセルをむしろ頭に入れておいてください。