ハルシュタットからベネチアに行くときにおすすめのルート、立ち寄り都市を教えてください。

4本のルートがあります

ハルシュタットとべネチアの間にはザルツブルク、フィラッハ経由のAとザルツブルク、インスブルック、ボルツァーノ経由Bの2ルートがあります。

ミュンヘンは後者のザルツブルク、インスブルック間にミュンヘンとガルミッシュを経由するかなりの迂回ルート（B３）になります。

通常はザルツブルク～インスブルック間は特急RJなどが通るドイツ内通過ルート（B１）とチロル地方を横断するツエル・アム・ゼー、キッツビュール経由（B2）の2コースが一般的です。

Bルート3コースはいすれもザルツブルクとインスブルックで1泊ずつがいいと思います。
3ルートの中では、B１が2時間ほどと最短で便利ですが、景色はイマイチです。
B2は直通（3時間20分）の特急もありますが、普通列車は4時間半ほどかかります。
ただし、チロルのアルプスの中を走り、オーストリアでも一、二の美しい路線ともいわれます。
ゆっくり、のんびりならB2が最適です。

B３はミュンヘンまで行ってから南下しますので一番時間がかりますが、途中のガルミッシュ～インスブルック間は
ヨーロッパ車窓展望ベスト10区間です。車窓風景は４ルート中一番かと。
ただし、ミュンヘンからインスブルック行きに乗るとき、特急ECでなく、普通列車に乗らないとこの絶景路線は通りません。このルートの場合はザルツブルクではなく、ミュンヘンとインスブルック1泊ずつでもいいかと。

Aルートはインスブルックは通りませんので、ザルツブルクと西ドロミテ（ボルツァーノの東奥）で1泊ずつまたは西ドロミテに連泊でもいいかと。