チリ、アルゼンチン、ブラジル

余裕は取った方がいいですよ

特に南パタゴニア、バスチケットの窓口に行って、あっさり満席ですと言われることもあるので。メインは南パタゴニアなら、なるべく早く、その地域に入った方がいいと思います。
そういう意味では、フライトでの移動にして、前もって座席を確保するのも悪くないかも。
プエルトナタレスもできれば2日前に入って、1日は食料の買い出しに充てる方がいいのでは。
パイネは去年の年末歩きました。パイネで、年越しを考えてましたが、7月上旬段階で、山小屋が満室で、結局、大晦日にプエルトナタレスに戻るスケジュールを組みました。

こんな感じで

1月28日サンチャゴ着、サンチャゴ泊
29日夜行バス
30日31日プエルトバラス泊　オソルノ山が正面に見え、プエルトモンよりお勧め
2月1日,2日バリローチェ
3日夜行バス
4日エルチェルテン泊
5日、6日エルカラファテ泊
7日プエルトナタレス泊　キャンプの準備があるので、できるだけ早いバスで
8日、9日　パイネキャンプ
10日プエルトナタレス
11日、12日、13日ウシュアイア　ウシュアイアでのダイレクトバスがない日があるかもしれません
14日　フライトでブエノスアイレス
15日　夜行バス
16日　プエルトイグアス
17日、ファスドイグアス
18日　夜行バス
19日～24日　リオデジャネイロ
25日　フライトでブエノスアイレスへ
26日　夜行バス
27日、28日　メンドーサ　ツアーでアコンカグア方面へ
29日　サンチャゴ
1日　　帰国便
去年から今年にかけ、パタゴニアは行ったけど、混んでますね。思わぬ所で、足止めくらう可能性があるので、スケジュールは余裕持たせた方がいいとは思いますが。　

オソルノ、アコンカグアには行かれないのですか？

約5週間もあるのですから、サンティアゴ→ロスグラシアレス（フィッツロイ、ぺリトモレノ）→パイネ→オソルノ→バリローチェ（ナウエルウアピ国立公園）→ブエノスアイレス→イグアス→リオカーニバル→サンテイアゴ→イースター島→サティアゴのルートがいいかと。
リオの後、イースター島だけでは時間が余るので、リオからサンティアゴの途中でアルゼンチンのメンドサに出てアンデス最高峰のアコンカグア観光をお勧めです。

オソルノ→バリローチェ（ナウエルウアピ国立公園）のコースは多くに湖沼を船とバスでアンデス越えするルートでスイスアルプス以上の絶景でしたよ。
オソルノ山は世界中にある富士そっくりのコニーデの中で富士に瓜二つといわれるほど似ています。

チリ、アルゼンチンのLCC

今はアルゼンチン、チリにもLCCが就航しています。

チリでは
https://www.skyairline.com/　　スカイ航空
https://jetsmart.com/us/en/　　ジェットスマート

アルゼンチンでは
https://flybondi.com/ar　　　　フライボンディ
https://www.norwegian.com/ar/　ノルウェージャン
そして上記、ジェットスマートも国内線を運航しています。

チリからブラジルへは上記2社が乗り入れ、
またアルゼンチンからはフライボンディが乗り入れています。
なお、ブエノスアイレスのフライボンディの乗り入れ空港は
首都圏第三空港のエル・パロマール空港です。アエロパルケではありません。

ほかのトピックにありましたが、プエルト・ナタレスの空港にも
季節的に、乗り入れている可能性があると思います。

よいご旅行を。