帰りは乗り遅れないように早めに着けばいいかと

はい、そういうことです。1時間も前にブリュッセル南駅に着くようにすれば、全く問題ないかと。30分前でも十分ですが。
行きのブリュッセル～ブリュージュの切符はブリュッセル南駅の窓口でも買えます。
そしてブリュージュ方面行きのホームで待ち、来た電車にのればいいだけの話です。
あとは空いた席を探すだけです。JR電車と同じです。