タクシーで移動。市内のホテル泊。

　安全でお勧めはタクシーです。この時間帯なら、空港から市内中心部までは20分もかからないと思います。料金は10ユーロ＋2ユーロ程度（荷物）とそんなに高くはありません。
　時に悪質なドライバーもいますので、事前に値段を聞いてみて15ユーロ以内ならOKでしょう。メトロもありますがこちらは市内まで30分程度、メトロホームへの移動とチケット購入（自販機になります）時間を含めると40分以上はかかると思います。この時間帯、乗客は少ないでしょう。
　リスボンはそんなに治安が悪いとは思いません。でも、いくら男性といえども、慣れない場所で、しかも遅い時間にホテルまで歩くことを考えればタクシーが一番。
　タクシーはメトロよりも約10ユーロ程度高くなりますが、安全保障費と考えれば安いでしょう。それに、早くホテルについて休みたいですしね。