ギリシャ国内線での経験

回答へのレスを読ませていただくと、「心配」と言いつつ楽観的な方なのかなあ。
チケットは現状のままでギリシャに飛び、現地の状況で対応を考える方向なのでしょうか？
チケット取り直しは金銭の負担が生じることなので、最終的にはトピ主さん判断ではありますが、経験者から一言。

ちょうど一年前に似たようなトピがありました。
こちらでは島からアテネに戻る便をどうするかが焦点ですが、参考までに。
自分も回答しています。
http://bbs.arukikata.co.jp/bbs/tree2.php/id/411178/-/parent_contribution_id/411178/

ギリシャの国内線の欠航についてですが、もうこれは運次第としか言えないです。
もちろん確率でいったら秋冬の方が高いのですが、ストライキも含めると季節関係なく、飛ばない時はあります。
先に挙げたトピで、自分が欠航にぶつかった確率は1割を切ってますけど、その1便がギリシャ国内線に初めて乗る人なら10割。
また、自分は本土に渡る日が一日ずれただけですが（旅の途中）、これが帰国便に乗る日だったらアウトでした。
（アテネも好きで旅の最後は必ず3泊くらいするので、島→アテネ→同日乗り継ぎで帰国はしません）

先のトピでも書いたけど、島から飛行機でアテネに戻り、その日に帰国便に乗った友人もいます。
時間差でストに巻き込まれなかったけど、これだってヒヤヒヤものですよね。
自分も空港にいましたが、出発案内表示にずらりと並んだCancelledの文字はすごかった。

現地での予定変更。
確かに10月であれば、夏のハイ・シーズンに比べたら席に余裕があるフライトもあるでしょう。
アテネ⇔ミコノス便はけっこうあるし、正規金額でも150ユーロくらいかな？
でも、悪天候で飛ばない可能性が出たとなれば、搭乗者全員が予定変更を余儀なくされるわけで。
こういう時は情報収集能力がすべて。旅慣れた人は早いですよ。
船から飛行機に切り替えようと空港に行ったら、すでにキャンセル待ちがフライト3便分くらいいたという知り合いの話、これは10月中旬です。

船の場合ですが、5月のクレタ島で、強風ですべての船が欠航になりました。
乗れなかった人が予定を変えたので、次の日の船はあっと言う間に完売。
それでも足りなくて、その次の日もエコノミーは完売。
港湾関係者のスト情報が流れたら、早々とスト前日の船が満席になったという投稿もありましたね。

実際にあるんですよ、こういうこと。
経験者がいるので、ガイドブックでも注意事項として書いておくんです。
脅かすつもりはないですけど、「現地での交渉に自信あり！」じゃないなら、運任せ・温情頼りは避けた方がいいんじゃないでしょうか？
10月まではまだ時間がありますから、船のスケジュールも調べておきましょう。

ついでですが、去年カタール航空を利用しました。
いつもは航空会社から直接購入ですが、カタール航空のサイトと某大手旅行会社とを比較したら旅行会社の方が3000円程安かったので、旅行会社のサイトで手配しました。
種類は「格安エコノミー」とありましたが、一番安い正規割引と多分、同条件。マイルもちゃんと付与されました。
アテネ⇔ドーハは一日2便あるんですが、帰路は乗り継ぎが良くなかったので、その分安かったのかなと思っています。
アテネ⇔ドーハは7割くらいの搭乗でしたが、ドーハ⇔成田は混んでいて、帰路の成田行きはおそらく満席でした。
欧州へのツアーで利用するようで、成田行きでは少なくとも2つの団体と一緒でした。