丁寧なアドバイスありがとうございます

フライトは日本航空の特典航空券です。
実はプランニングの時点でヘルシンキも考えたのですが、希望の日程で空きが厳しかったのとヘルシンキとモスクワでは必要マイル数に差があったことから、リーズナブルなモスクワからのin/outにしました。
なので旅の始まりと終わりがモスクワなのは確定です。

ペトロザヴォーツクへの移動は結構な強行軍ですよね。
ご指摘の通りペトロザヴォーツクはペテルブルグの方が近いので、ペテルブルグを拠点にしてデイトリップできないかの検討もしてみたのですが、時期的にキジ島へのフェリーは1往復しかなく、ペテルブルグから行く場合も行きも帰りも寝台利用するしかありませんでした。
結果としてモスクワ→ペトロザヴォーツク→ペテルブルグの三角移動にしました。

この条件のなかでなるべく効率よく回りたいところですが、なかなか難しいですね。
ビザがらみのことは旅行会社に問い合わせてみます。
ありがとうございました。