一般に水上バス（Vaporetto）はACTV社の島内船

>水上バスよりALILAGUNA社の青線のほうが早いのですね。

日本人がどう言おうが、乗れれば良いのでしょうが、
現地の理解では、
水上バス→英語ならWater bus=Waterborne=ACTVが運航するVaporetto。

一方、ALILAGUNA社の船はVaporettoとは呼びません。多分、ALILAGUNAでしょう。
www.alilaguna.itでは、imbarcazione Alilaguna、無理矢理訳せばアリラグーナ船。

Lineeをみればすぐにわかります。
Linea Blu Aeroporto-Murano Collona-F.te Nove
Linea Arancio Aeroporto-F.te Nove----Rialtoですが、F.te Noveはほとんどが
素通り。どちらもALILAGUNA船です。Vaporettoは行きません。

>ALILAGUNA社の青線はサンマルコ広場までですよね？

一応、S.Marcoまで行きますが（終点はクルーズ港）、トーマスマンが
描いた島に寄ってからなので、観光船として使わない限り、時間の
無駄です。

>帰りはサンタルチア

S.Marcoと勘違いしていました。Venezia S. Luciaですね。
”水上バス”、Vaporettoでは、FERROVIA (S.Lucia) です。
Treno 9983 なので、8:45でも大丈夫。
Venezia S.Lucia 08:55 > 12:28

Linea 1 8:15発が8:34妥当なところでしょう。
時間通りなら、27分発でも46分着なので間に合います。

Linea 2の8時台はRIALTO "Bが始発で、22発が34着、34発が46着。

www.grandistazioni.it
QUADRI ORARIO STAZIONE PER STAZIONE
Partenze Venezia S.Lucia 8:00で探すと、
prm.rfi.itに移動し、
Home > Stazioni > Quadri Orario > Risultato ricerca
ORARIO PROGRAMMATO 14 Giugno 2015 - 12 Dicembre 2015
08.55 Treno 'Italo Alta Velocità' 9983 ROMA TERMINI (12.40)
Binario programmato 7 ですね。
ついでに周囲を見渡すと、
08.50 Treno Freccia Biancaが6、
その前に7を使うのが、
08.04 Treno Regionale Veloce 1828 TRIESTE CENTRALE (11.04)
なので、早めに行って乗り間違うことはないしょう。
なお、あくまで目安で、直前に変更されるのは、イタリアに限らず
欧州鉄道の常。必ず、掲示板で確認しましょう。田舎駅では、これが
構内放送のみで、イタリアに行ったら、それを決して聞き逃してはいけません。
当然、イタリア語のみです。