香港空港は非常にシンプルで分かり易いです。

チューリッヒにて香港→関空便も同時にチェックインしておけば、
問題ないと思います。

少々、遅延の場合はＣＸ地上スタッフが、
「ＣＸ●●●便　●●様」と記載した紙やボードを持って、
チューリッヒ→香港便を降機後のボーディングブリッジを渡り終えた場所で待っていて
優先的に乗継時のＸ線検査を通過させてくれるはずです。

大きく遅延した場合は、次便に振り替えの手続きをします。
日本の同一空港としてはＣＸは関空便が多いので、
心配する必要はないと思います。