ゴゾ島だけでも観光は半日は要するので1日だけでゴゾとコミノは忙し過ぎるのでは。

もしヴァレッタに宿泊でゴゾ島やコミノ島のフェリ－出発港のCirkewwa（チェルケウァ）にバスでアクセスする場合はヴァレッタ周辺の道路が半端なく込み合いますので時間がかかります。

ゴゾ島とコミノ島を同日に行けるとは思いますがゆっくり回れないのではないでしょうか。

コミノ島には行っていませんがゴゾ島のMgarr（イムジャ－ル）港にはフェリ－が到着の時刻に合わせて乗り降り自由のホップオンホップオフ・バスが待機していますので個人でも十分回れます。

ゴゾ島とコミノ島へのフェリ－のタイムテ－ブルについてはこちらが参考になると思います。
http://www.maltainfoguide.com/comino-boat-trips.html
http://www.malta-guide.net/transport/ferry-boat-gozo-island-malta/

最近ではありませんが2011年7月にチェルケウァ⇔ゴゾ島と移動してゴゾ島観光をレポ－トしていますので参考になれば幸いです。
http://tabisuke.arukikata.co.jp/schedule/48106