諦めずに聞いてみてください！

TYO-JNBはANA便名でも実際に搭乗するのは特にHKG-JNBは南アフリカ航空の機体だと思います。
ANAとSA は同じスターアライアンスなので諦めずに当日カウンターででもいいので聞いてみて下さい。
ちなみに我々が航空券を取った時にはTYO-JNB同じルート・同じ便でもANAよりもSAで予約したほうが安かったのでSA便名で予約しました。

3時間45分あれば別切り再手続きになってもよほど遅延しない限りは間に合うとは思いますよ。