僕はインヴァネスからアクセスしました

フォートウィリアムス4泊、スカイ島のポートリー3泊でした。
エジンバラから2泊だと、往きにフォートウィリアムス経由でスカイ島、帰りはネス湖に興味があるのなら、インヴァネス経由がいいと思います。フェリーもあるみたいですけど、遠回りでも全て陸路の方が早いのでは。フォートウィリアムス周辺も見どころ多いですよ。どちらにしても、エジンバラからスカイ島の往復にそれぞれ1日かかると思った方がいいです。
そうなると、スカイ島の観光に使える時間は丸1日かと。ドライブコースとしては、ポートリーから北へ走り、オールドマンオブストゥールへ行き、往復2時間ほどのハイキング。そして、キルトロックからクイラインまで進む。その後、南に戻り、ポートリーを越え、クイリンヒルズまで。ここもハイキングコースがあります。これ位、周遊できれば、満足できるのでは。道は狭い所がありますが、向こうの人はマナーが良いので、譲り合いの心で。
どちらにせよ、天気次第です。終日、晴れているということはあまりないと思いますよ。天気の移り変わりが激しいので、天気が悪ければ、車の中で待機するしかないですね。