大丈夫だと思います

空港からバスで東涌駅まで行き、東涌バスターミナルから別のバスに乗り換えることになります。
タイムテーブルは
http://www.newlantaobus.com/
にあります。
No. 11かNo. 23のバスになると思います。
香港のバスではおつりをもらえないので、Octopus Cardが事実上必須になります。空港ではMTRの駅で買えるはずです。
間違ったバス停で降りてしまう可能性もあるので、多めの金額をチャージしておくことをお勧めします。
金額が余ったらコンビニなどでの商品購入に使用できますし、また香港に来る予定があればそのまま持っているという選択肢もあります。