その通りでした。

確かに通しで購入した場合の自由席特急券との不合理を気にして
いましたが、結果的には全く問題なく、自動改札機も利用でき
JRの駅係員も良くご存知の様で親切に対応して頂けました。
本件では心強い回答ありがとうございました。