2，3ヶ月ほどの短期なら。

タイとインドネシアの行き来でしたら、通常は空路を利用されると思います。
この場合どちらの滞在でも1回の滞在で30日を超えなければ、原則、ノービザで滞在は可能です。
但し、短期に出入国を繰り返すと、入国係官の
中には疑問を持ち、手続き中に色々詰問してくる場合が入国回数が増える毎に確率は高くなります。
その際に、復路の航空券や宿泊先の呈示や手持ち資金の確認を行う場合もあります。すべては担当係官次第。
ただ1つ1つ説明できれば全く問題ありません。
タイの場合、1年間ノービザでトータル90日を超えなければ運用上は入国させています。特に怪しい人物(不法就労や犯罪予備軍等)出なければ。
実際、数日前に国は違いますが、シンガポールとマレーシアを短期に何度も往復して、シンガポール入国時に、15分ほど、カウンターで詰問を受けたところですw。
マレーシアもシンガポールも日本国パスポートでノービザ入国可能ですが。
ちなみに私は1年に330日ほどを主にアジアを周遊する
暮らしを10年近く行っています。