ミコノス島→アテネ、飛行機か船かで迷ってます。

同じく、ご自身にとっての優先順位で決めるだけ

通常、船と飛行機で迷うのは、費用の節約と時間短縮と、どちらを優先させるかだと思うので。
それとも
>8月中旬にアテネ✈ロドス島2泊（シミ島）✈サントリーニ島2泊
とあるので、移動が飛行機ばかりなので、船も利用してみたいとか、
実は船酔いが心配だとか、別の理由で迷っているのでしょうか？
ひとつ注意するとしたら、ミコノスから本土に行く船はラフィーナ着も多いのですが、
アテネ市内に行きたいのならピレウス着の方が近いですよ。