バイエルンチケットが使えますよ

もう予約をされたのでしょうか？
もしまだでしたら、バイエルンチケットをお薦めします。

フュッセン→ミュンヘンはREで2時間ちょっと、ミュンヘン→ザルツブルクは1時間毎に出ているメリディアンで2時間弱。
RJ乗り継ぎで行くのとそんなに時間も変わらないか、むしろ早いくらいです。

バイエルンチケットは平日は9時から、祝祭日でしたら早朝から1日中使え、お好きな時間の列車に乗ることができます。（ただしRJは使えない）
途中下車したミュンヘンで市内交通（地下鉄、トラム、バス）にも使えます。
料金は一人27ユーロ、2人で32ユーロ、3人で37ユーロ（だったと思います）

私でしたら、この経路でしたら迷うことなくバイエルンチケットを使いますね。